Az ATOMKI üzemelteti Magyarország legnagyobb részecskegyorsító berendezését, az MGC-20 típusú izokrón ciklotront, amely 1985 novembere óta szolgáltat gyorsított részecskenyalábokat alap- és alkalmazott kutatások számára, továbbá orvosi és ipari alkalmazásokhoz. A gyorsító széles tartományban változtatható paraméterű nyalábokat képes előállítani, így rugalmasan alkalmazható a különböző tudományterületek által megkívánt feladatokra. A ciklotron olyan nyalábvezető rendszerrel rendelkezik, amely lehetővé teszi a nagyon eltérő és speciális követelményekkel rendelkező felhasználói igények kielégítését.